Естественно, по-разному 

Это надо понимать логикой. Что есть цифровой звук? Сначала 
носитель (флешка/диск и т.д.), потом 
декодер (PCM/MP3/WMA etc), потом 
ЦАП (DAC) (цифро-аналоговый преобразователь), 
предусилитель, 
усилитель. 
Более всего на звук оказывает влияние именно ЦАП. Он оживляет звук из нулей и единиц. 
Большинство современных ЦАПов т.н. "однобитники", использующий принцип дельта-сигма преобразования. Не смотря на то, что на рекламном проспекте может быть написано 24 бит. Это наглая маркетинговая ложь. Реальный 24-битник стоит от 1000$ за ГУ, причем, читающим только CD. Настоящий Hi-End. 
Но это так, для справки. Кому это интересно, тот ФАКи не читает  

. 
Так вот, однобитные ЦАПы от разных производителей гадят звук каждый по-своему. Справедливости ради, отмечу, что "мультибиты" тоже не идеальны, но это отдельная история, явно уходящая за рамки топика.
Следом идет предусилитель. В бюджетных ГУ он исполнен на сверхбюджетных компонентах. Соответственно, никакого нормального звука на этом этапе тоже нет. 
Ну и усилитель, который всю эту "шнягу", что дали ему ЦАП с предом, усиливает в несколько раз  
 Я ответил на твой вопрос?  
 Я еще в цепочке забыл добавить разного рода фильтры: эквалайзеры, "лоуды", 3D и прочие эффекты всех сортов.
Это все однозначное зло для звука. И у разных марок/моделей эти "примочки" реализованы тоже по-разному.
Возможно, когда говорят, что цифровой звук одинаков, подразумевается формат MP3/WMA и прочие форматы сжатия с потерей качества. Что, в сущности, абсолютно верно.
Но! Какие-то ГУ справляются с воспроизведением этих форматов терпимо, а какие-то невыносимо. Почему? А я выше уже рассказал 

 Плюс на сцену выходят декодеры, которые тоже бывают разными.