Алексей, с моей точки зрения в этой ситуации можно помотать нервы ДПС. Раз они сами говорят, что суд разберется, есть или нет доказательства.
Рассматриваем ситуацию с самого начала. Светофор. Существенным обстоятельством по делу является схема его работы. Допускает ли она пересечение одной границы переезда (ими считаются расположение шлагбаумов) на разрешающий сигнал светофора и второй - на запрещающий. Если допускает, то надо составит схему положения авто по времени: горел разрешающий - пересекаем шлагбаум, через 5 сек загорелся запрещающий - машина на переезде. Упор в схеме (выделить этот момент как-то зрительно, например ярким цветом) надо сделать именно на пересечение переезда на разрешающий сигнал. Написать ходатайство о приобщении этой схемы к делу (будет дополнение к видео, которое неизвестно появится ли в суде). Одновременно эту же схему направить в ГИБДД с просьбой разъяснить ПДД в этом случае. Я думаю, если все правильно составить, единственным ответом ГИБДД может быть только - закончить начатый маневр. И этот ответ тоже приобщить к делу.
Второе. Действия сотрудников ДПС. Скорее всего, надо точно поискать, в документе, который регулирует их обязанности(регламент или что там сейчас) есть такой пункт - обязанность незамедлительно остановить транспортное средство во избежание наступления негативных последствий. В данном случае выезд на переезд на запрещающий сигнал светофора может иметь катастрофические негативные последствия. Поэтому прямой обязанностью сотрудников является не съемка этих последствий за переездом для интернета

, а регулирование движения перед ним с целью не допустить возникновения. То есть имеет место прямое нарушение нормативных документов и функциональных обязанностей. А это является основанием для жалобы вышестоящему начальству, как минимум. А кроме того, это явное преступление ("Бездействие") предусмотренное и КоАП и УК. По этим статьям не требуется наступления каких-либо последствий. Главное - сам факт бездействия в нарушение прямых функциональных обязанностей. А это уже является основанием для заявления в прокуратуру. Из этого может ничего не получится (понятия "до" и "после" здесь очень расплывчаты, с какой точки смотреть, если двухстороннее движение), но если заявление примут, нервы им помотают - мало не покажется. В любом случае, если они снимали переезд, то исполнение ими обязанностей(по закону) регулирования движения в опасном месте(а место опасное, раз можно на запрещающий сигнал оказаться на переезде, как утверждается в протоколе), этот факт должен быть подтвержден либо видео, либо показаниями свидетелей. Если их самих на видео нет, как же они регулировали?
Все выше написанное - имхо, так как я не юрист. Просто некоторое время моя работа была связана с юридическим департментом, там научили выискивать юридические детали в документах и ситуациях. Возможно, все это и совсем не так. Юристы более точнее подскажут, как и что.